年检时工商登记部门认为是虚假注册?公…

年检时工商登记部门认为是虚假注册?公司在变更增资部分为借款,在新的企业法人营业执照未核发前,将增资款以借款名义转给自然人。后公司正常运作,股东也有将其它收入充实本公司。但年检时,工商登记部门认为是虚假注册要罚款。这种情况该怎办?